Dalam melaksanakan tugas dan fungsinya, Kepala Dinas Kesehatan Kota Surabaya dibantu oleh satu Sekretariat dan empat Bidang. Hal ini tertuang dalam Undang-Undang No. 23 tahun 2014 tentang Pemerintah Daerah, Peraturan Pemerintah No. 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah, Peraturan Daerah (Perda) Kota Surabaya No. 14 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Kota Surabaya, dan Peraturan Walikota (Perwali) Surabaya No. 48 Tahun 2016 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Uraian Tugas dan Fungsi Serta Tata Kerja Dinas Kesehatan Kota Surabaya.
Halaman ini di-update terakhir pada 4 Januari 2021.
| KEPALA DINAS KESEHATAN | drg. Febria Rachmanita, MA |
| SEKRETARIAT | drg. Yohana Sussie Emissa |
| Sub. Bagian Program, Informasi dan Humas | drg. Primayanti, M.Kes |
| Sub. Bagian Hukum, Kepegawaian dan Umum | drg. Migit S., M.Kes |
| Sub. Bagian Keuangan dan Pengelolaan Aset | Ruminingsih, SE, M.Ak |
| KEPALA BIDANG PELAYANAN KESEHATAN | dr. Sri Setyani |
| Seksi Pelayanan Kesehatan Primer | dr. Atiek TA, M.Kes |
| Seksi Pelayanan Kesehatan Rujukan | Marisulis S., SKM |
| Seksi Pelayanan Kesehatan Khusus dan Kesehatan Tradisional | drg. Verra P.T. |
| Plt. KEPALA BIDANG KESEHATAN MASYARAKAT | drg. Yohana Sussie Emissa |
| Seksi Kesehatan Keluarga dan Gizi Masyarakat | dr. Kartika Sri Redjeki, M.Kes |
| Seksi Promosi dan Pemberdayaan Kesehatan Masyarakat | drg. Chandra Kusuma Wardhani, M.Kes |
| Seksi Kesehatan Lingkungan, Kesehatan Kerja dan Olahraga | Nurifa Handayani, SKM |
| KEPALA BIDANG PENCEGAHAN DAN PENGENDALIAN PENYAKIT | drg. Rince Pangalila, M.Kes |
| Seksi Surveilans dan Imunisasi | dr. Ponconugroho BFR |
| Seksi Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Menular | dr. Daniek S., M.Kes |
| Seksi Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Tidak Menular dan Kesehatan Jiwa | Sufiah R., SKM, M.Kes |
| KEPALA BIDANG SUMBER DAYA KESEHATAN | Hariyanto, SKM, M.Si |
| Seksi Kefarmasian, Makanan dan Minuman | Umul Jariyah, S.Si, Apt. |
| Seksi Sarana dan Alat Kesehatan | Leena Qonita, S.Si, Apt. |
| Seksi Sumber Daya Manusia Kesehatan | Emy Ratmawati, SKM |